魂斗羅的故事發生在未來世界中。2631年，恐怖組織紅色獵鷹，在新西蘭附近的加魯加群島建立秘密基地，魂斗羅部隊的比爾和蘭斯潛入查看，意外地發現了外星異形生物（出自《魂斗羅》）。[8]  從此之后，魂斗羅與外星異形以及紅色獵鷹的戰斗開始打響。魂斗羅部隊先后平息了異形控制GX軍事基地事件（出自《超級魂斗羅》）、粉碎了某超級大國的異形克隆計劃（出自《魂斗羅Operation C》）。2636年，異形戰爭爆發。異形全面入侵地球，魂斗羅部隊比爾和蘭斯擊敗了異形橋梁“頭腦生命體”之后戰爭結束，同時魂斗羅部隊指揮官巴哈姆上校戰功顯赫成為英雄（出自《魂斗羅精神》）。
　　兩年后的2638年，巴哈姆特上校委派比爾和魂斗羅部隊新兵寒鋒重回加魯加群島基地執行任務。讓人意外是，紅色獵鷹的基地被人再次開啟了。比爾與寒鋒分別從島嶼南北兩面登陸，在火山口的基地入口處匯合。擊敗了復活的“陰獸魔神像”后，進入敵人要地。
　　在位于基地底層的生化實驗室，比爾和寒鋒遇到了許多不分敵我四處攻擊的喪尸士兵，以及被喪尸圍住的曼德拉博士。博士請求魂斗羅部隊救出他的女兒露西亞……
　　強化系統
　　強化，英雄的技能傷害可以實現提升(所有英雄功用技能等級)，需要注意的是，技能強化等級會受到角色等級的限制，無法超越角色等級太多。當指揮官收集到足量的角色碎片后，即可使角色覺醒，再次強化角色屬性，同時解鎖覺醒技能。除此之外，英雄在裝備指定的工具之后，還能夠獲得被動技能，使主動技能擁有更加出色的傷害能力或者附帶擊飛等特殊效果。指揮官也可以在角色界面了解到英雄的定位和生存、控制、移動等六項屬性，初始屬性的強弱從某角度而言取決于英雄的品階。
　　軍團系統
　　軍團是《魂斗羅：歸來》游戲中玩家集體經營的組織，需要同時有多位活躍玩家進行維持和升級的同時，也將為玩家帶來buff和福利。軍團資金主要是玩家的捐獻和游戲中的活躍程度來獲得的，只有志同道合，活躍而且協調一致的玩家才能很大限度的獲得軍團帶來的優勢。軍團想要升級和開啟福利，軍團資金是必不可少的要素。軍團捐獻就是軍團資金主要的來源，軍團捐獻分為三檔，初級捐獻只需要金幣，對于不是急需軍團貢獻的玩家來說是普遍的選擇。獲得的軍團資金可以用來提升軍團建筑等級，也可以用來發福利開boss。